Прошёл год после победы над ангелами. Настало наконец мирное время. Города снова кишат людьми, все счастливы. Наши любимые герои также ведут себя, как раньше. Каждый наш персонаж живёт в своём доме. Евы "заброшены" на станции "Нерв".
Но ночью 2016 года поступил какой-то не понятный сигнал. Было не понятно, что это за сигнал: новый ангел? или что?. После этой ночи стали начинаться стихийные бедствия. Не большие. Ветер, сильный дождь и т. п. Станция "Нерв" решила иследовать этот сигнал с помощью Евы. Снова Синди, Рей и Аске пришлось взяться за старое дело. Ев запустили в космос узнать всё из окружения Земли. Нечего не обнаружилось. Маму Синди перевели в отдел "Нерв". Так же Каору, которого убили, воскресился и теперь пилотирует Еву. Появился новый пилот-Мари Илластриэс Макинами. Судзухара продолжил пилотировать свою Еву 03.
На следующий день не далеко от города раздался какой-то взрыв. Над землёй пролетел какой-то луч. Неужели ангел? Но как? Конец миру и покою?! А может и нет... Решать вам и нам. Вперёд!